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年7月7日“卢沟桥事变”的爆发标志着日军发动全面侵华战争，我国东部沿海地区迅速沦陷，年11月下旬日军已经侵入安徽，年三四月间江南各游击队于皖南歙县岩寺集结后组建新四军第一、第二、第三支队，江北各游击队组建第四支队于湖北省黄安县七里坪和河南省确山竹沟等地集结后于皖西霍山县流波疃汇合整编。
新四军组建后，于长江两岸的安徽、江苏、湖北等省进行抗日斗争，年1月中旬“皖南事变”新四军军部于苏北盐城重建，以陇海路以南的八路军、新四军部队组建七个师又一独立旅，到抗战胜利时于安徽境内建立了皖江、淮南、淮北三大敌后抗日根据地，由新四军三个师分别兼皖江、淮南、淮北三大军区。
新四军第二师由江北指挥部及其所属部队编成，师部驻天长县，其中第四支队编为第二师第四旅，第五支队编为第二师第五旅，江北游击支队及淮南津浦路西地方武装一部编为第二师第六旅，师长由新四军副军长张云逸兼任，政治委员郑位三，副师长罗炳辉。
年2月为统一淮南根据地军事领导成立淮南军区，新四军第二师兼淮南军区，此时罗炳辉任第二师师长，谭震林任政治委员，淮南军区成立后罗炳辉、谭震林仍兼军区司令员、政治委员。
新四军第四师由活跃于淮北的八路军第四纵队编成，师部驻涡阳，辖第十、第十一、第十二旅及萧县独立旅，彭雪枫任师长兼政治委员。年11月，淮北军区成立，由新四军第四师兼淮北军区，此时第四师师长彭雪枫、政治委员邓子恢分别兼军区司令员、政治委员。年9月，彭雪枫牺牲后，张爱萍任新四军第四师师长兼淮北军区司令员。
新四军第七师原第三支队挺进团、无为游击队及“皖南事变”突围部队等编成，辖第十九旅及挺进团，全师仅余人，师长为张鼎丞（未到职），政治委员曾希圣。年3月，皖江军区成立，新四军第七师兼皖江军区，师长张鼎丞、政治委员曾希圣兼任军区司令员、政治委员，到年11月谭希林任第七师代师长。
